Для программной перезагрузки устройства средствами bash следует использовать команду:

reboot

Изменения, сделанные пользователем в командной среде bash, сохраняются автоматически и не требуют для этого особой команды. При программной перезагрузке они корректно копируются в энергоназависимую память.

Перед аппаратным рестартом устройства (по питанию или кнопкой Reset) необходимо выполнить команду sync, чтобы гарантировать, что сохранённые изменения физически записаны в энергонезависимую память, а не остались в кэше системы.

См. также утилиту nsgreboot.